高濃度的次氯酸鈉溶液不僅會影響根尖周疾病的愈合，還容易損傷口腔黏膜，故而考慮到毒性方面的因素，臨床多是選擇次氯酸鈉液作為根管沖洗藥物，使其溶解根管內有機物與滅菌能力都會大大的減輕。因此，次氯酸鈉液作為根管沖洗藥物單獨應用在臨床，沖洗效果并不太理想。次氯酸鈉液性質不夠穩定，儲存時間過久或是放置不當容易發生變性，影響沖洗的效果。低濃度的次氯酸鈉溶液有刺激性氣味，操作不當會引起患者惡心、嘔吐。次氯酸鈉作為氧化劑時，在活性炭催化作用下可直接將十二碳硫醇惡臭物質氧化而成為無臭、無味、透明的磺酸水溶液存在。這里應指出的是，如不加入活性炭作為催化劑應用，次氯酸鈉不能將十二碳硫醇完全氧化成為無臭的物質，也就是磺酸。