加入到水中的次氯酸鈉會電離出次氯酸根，次氯酸根無論是在酸性環境中，還是在堿性環境中，都具有很強的氧化性，也就是說遇到還原劑時會發生還原反應而分解，但在酸性條件下其氧化性更強一些。溫度和紫外光對次氯酸鈉的穩定性影響很大，升高溫度或光照（特別是紫外光），次氯酸鈉溶液的分解速度將明顯加快。次氯酸鈉消毒液在水中基本不產生游離態分子氯，所以在消毒過程中一般難以發生因存在氯分子而引發的氯代化合反應，生成不利于人體健康的有毒有害物質，因此一般認為次氯酸鈉消毒生成的消毒副產物要低于液氯。次氯酸鈉具有和液氯相同的消毒機理，雖然其滅菌效率受pH和溫度等因素的影響較大，但是由于自然水體酸堿度的緩沖，兩者消毒效率基本一致。且次氯酸鈉的消毒副產物通常認為略低于液氯。因此，為降低操作上和運行中的風險，以次氯酸鈉替代液氯作為主要消毒藥劑完全可行。生產制備次氯酸鈉的設備叫作次氯酸鈉發生器，通常是利用電解食鹽水（或海水）制取次氯酸鈉水溶液。