次氯酸鈉氧化機理在某種條件下，淀粉分子的還原端的葡萄糖環狀結構容易C1在位的氧原子處斷裂，而在C1位上形成一個醛基，所以通常認為有三個類型的基團可以被氧化成羧基和羰基，即還原端的醛基和葡萄糖分子中的伯、仲醇羥基。淀粉的氧化機理是十分復雜的，它不但與反應條件有關，還與淀粉品種和存在形式有密切關系.玉米淀粉或者是高直鏈玉米淀粉在pH=8.5時，經過次氯酸鈉氧化8小時，羧基和羰基數比約為2:1，增加次氯酸鈉濃度有利于羧基和羰基含量增加，當次氯酸鈉濃度增加時，羧基和羰基的比值增大；在PH=7.5時，羧基和羰基含量基本相等。氧化劑滲入到淀粉顆粒中，主要作用于非結晶區，用偏光顯微鏡觀察仍有雙折射性，可以證明這一點。可能在某些淀粉分子中會發生劇烈的局部反應，導致淀粉分子解聚，糖苷鍵斷裂，而產生高度降解的碎片，這些碎片可溶于堿性介質中，當洗滌淀粉時，它們被洗掉。