次氯酸鈉廣泛用于包括自來水、中水、工業(yè)循環(huán)水、游泳池水、醫(yī)院污水等等各種水體的消毒系統(tǒng)當(dāng)中，能夠有效溶于水的次氯酸鈉還能夠破壞氰根離子和苯環(huán)等，所以這種物質(zhì)可以用作處理含氰廢水和一些工業(yè)重度污染廢水的高級(jí)氧化，還可以用于紙漿等漂白。高濃度的次氯酸鈉液體還可以用于剝離設(shè)備及管道上附著的沾泥。真正讓次氯酸鈉發(fā)揮消毒作用的成分是它溶于水之后產(chǎn)生的次氯酸，它能使微生物的蛋白質(zhì)變質(zhì)，實(shí)驗(yàn)證明它能夠有效殺減細(xì)菌、真菌及病毒。使用次氯酸鈉漂白水在與細(xì)菌接觸時(shí)，會(huì)產(chǎn)生氧化作用而破壞細(xì)菌會(huì)產(chǎn)生氧化作用而破壞細(xì)菌的細(xì)胞壁，進(jìn)而殺死細(xì)菌（包含沙門氏菌、金黃色葡萄球菌、彎曲狐菌、李低桿菌及大腸桿菌等），且使用后的漂白水也會(huì)還原成封人身無害的信鹽水。